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果找到了更多的神秘地点。艾吉奥为了进入地下密室，独自闯入西斯廷教堂，击败了教宗亚历山大六世并打开地下室的隐藏通道，从先行者口中得知了人类在未来将会面临重大灾难的预言。
艾吉奥和叔叔马里奥回到了蒙特里久尼，但这里再度遭到圣殿骑士的攻击，叔叔马里奥被杀，艾吉奥中枪逃走，金苹果也再次落入了圣殿骑士手中。
艾吉奥来到罗马，不断地削弱圣殿骑士的势力，夺回金苹果的艾吉奥在苹果的指引下，把它藏在了罗马斗兽场下的神殿，等待着五百年后某个人的出现。
艾吉奥稳固了刺客组织在意大利的势力，将整个刺客组织发展壮大。在某次阅读叔叔马里奥的文档时，艾吉奥发现了一封他父亲的来信，提及了一个隐藏在著名刺客阿泰尔出生地马斯亚夫的秘密图书馆。
艾吉奥踏上了前往马斯亚夫的旅途，经过了整整十个月的长途跋涉才最终抵达。但意想不到的是，迎接他的竟然是大批的圣殿骑士。在幻觉中，艾吉奥看到了一名白衣刺客，也就是宣传CG中的那一幕。
成功逃离后，艾吉奥询问了被圣殿骑士劫持的工人，知道原来这些圣殿骑士也在寻找进入图书室的方法。
在马可·波罗的父亲尼克罗·波罗书籍的指引下，艾吉奥不断地搜寻马斯亚夫的钥匙，还在君士坦丁堡卷入了拜占庭王室的内部斗争之中。
这些马斯亚夫的钥匙从造型上来就是一张张散发着金光的圆碟，显然是先行者们科技的产物，这其中也蕴含着阿泰尔的记忆，这些记忆是戴斯蒙之前也没有见到过的。
原来，阿泰尔晚年在马斯亚夫建立了一个图书室，把自己的一生简述给尼克罗·波罗。同时，阿泰尔把刺客们派遣到世界各地，因为阿泰尔刺杀了成吉思汗引来了蒙古军队的报复，所以阿泰尔把自己的密函、图书室钥匙等给予尼克罗·波罗这位探险家，并希望有朝一日，有一名刺客可以找到这里。
在老宋以戴斯蒙的视角体验这一切的时候，他的心情是复杂的。
艾吉奥成功打开了图书室的大门，一路点燃墙壁上的火把。但，那里面却是空空如也，只有过了那么多年依旧等待着的阿泰尔的遗骨。
在阿泰尔的记忆中，年迈的阿泰尔和自己的儿子道别，而后进入图书室中，沉重的大门在他的面前落下。
阿泰尔颤颤巍巍地向前走着，将墙壁上的火把依次熄灭，把自己的金苹果妥善地藏好。
【坐下来休息一会儿。】
视野中出现了一行小字，阿泰尔摸索着房间中央的椅子颤巍巍地坐了下来，看着手中的马斯亚夫钥匙，仿佛陷入了沉思。
但，镜头一转，已是四百多年后。
经过无数的波折和坎坷，这两位最伟大的刺客大师，终于见面了，以一种谁都没有猜到的方式……
金苹果亮起了光芒，在与先行者们接触过这么多次之后，艾吉奥明白了，自己只是一个传声筒，他经历了这么多，都只是为了让戴斯蒙能够通过自己的记忆，获得先行者们的信息。
在游戏的最后，戴斯蒙获得了先行者们传达的信息，原来在数万年前，地球曾经遭遇过一次恐怖的灾难，而这次灾难直接导致了先行者文明的灭绝。而现在，灭世灾难即将再度降临，而拯救世的希望，完全寄托在了戴斯蒙的身上……